相较之下，重庆位于嘉陵江流域，早期是一片沼泽地，在春秋时期才逐渐形成适合居住的盆地。重庆历史上最古老的文明可以追溯到巴国，这使得重庆也被简称为"巴"。巴国的起源可以追溯到汉江上游，直到春秋晚期，他们才迁徙至重庆一带。"巴"字最早出现在甲骨文中，原义是蛇，《说文解字》中提到："巴，虫也。或曰食象蛇。" 根据《山海经》的记载，巴国的祖先是伏羲的后裔，而伏羲本是人头蛇身，以蛇为图腾，因此巴国成为了一个以蛇为图腾的民族。

然而巴蜀的历史并非和谐相处的长久合并，而是充满了战争和分裂。在公元前316年，蜀国进攻了苴国，苴侯逃到了巴国，请求秦国的援助。秦国随即派遣司马错进攻蜀国，从而结束了古蜀文明的历史。紧接着，秦军连续征服了苴国和巴国，将整个巴蜀大地纳入了秦朝的版图。此后，秦国设立了巴蜀二郡，统一管理这片富饶的土地，巴蜀的粮食也为秦国的统一战争提供了充足的支持，成为了全国的重要后方。

在乱世之际，巴蜀地区成为了逃难之地，同时，巴蜀的军阀也在相对封闭的自然环境中崭露头角，形成了"天下未乱蜀先乱，天下已治蜀未治"的说法。从秦朝灭亡后，汉朝崛起，刘邦正是以巴蜀为根据地开始了他的事业。在汉朝时期，巴蜀地区延续了巴蜀二郡的行政划分，随着时间推移，增设了新的郡，如广汉郡、犍为郡、越雟郡。汉武帝时，西南地区设立了益州刺史部，而巴蜀二郡都在益州刺史的监督下。

然而东汉末年，巴蜀地区再次陷入分裂状态。刘璋率领部队掌握了益州，随后刘备称帝，建立了"蜀汉"政权。西晋统一不久，李特在巴蜀建立了"成汉"政权，直到40年后才被东晋所灭。东晋时期，又有谯蜀政权相继崭露头角。

需要注意的是，在南北朝时期，巴蜀虽然出现了割据政权，但行政区划依然保持并列状态。这一模式在唐朝得以延续。唐朝划分了多个道，其中成都平原划为

随着时间的推移，巴蜀的割据性质变得更加明显。南宋时期，蒙古频繁入侵巴蜀，试图破坏南宋的长江防线。为了有效组织巴蜀地区的抵抗，南宋政府建立了四川宣抚、制置和总领等机构，对行政、军事和财政进行了协调管理。这些措施仅在战争期间临时实施。

巴蜀地区的历史发展并不是一帆风顺的。元明清三代，四川省的面积不断扩大。在元朝时期，四川仅包括四川盆地的一部分，而其北部的汉中已划归陕西，实际上巴蜀地区的利州路已经消失。明朝时，将黔地的播州宣慰司划给四川省来管理，增加了四川的领土。到了清朝，康熙和雍正将康区的大部分土地划归四川省，以确保四川能够控制康区并保障通往西藏的道路畅通。这使康区成为了清朝控制西藏的重要跳板，而四川成为了后勤保障地。这些被划入四川的康区现在被称为"川西"。

雍正帝在"改土归流"政策中，为了使贵州的版图更加完整，将遵义划归贵州。遵义曾隶属四川长达127年，直到1727年。而重庆从元朝开始一直是四川省的一部分，整整7多年，直到1997年之前。