关于洪秀全死因，攻破天京（南京）之后，曾国藩上书称洪秀全服毒而亡。

《清史稿》：是月洪秀全以金陵危急，服毒死。群酋用上帝教殓法，绣缎裹尸，无棺椁，瘗伪宫内，秘不发丧。

《清史稿》的结论，源于曾国藩的奏章。由于湘军是1864年四月二十七日（阴历）攻入南京，所以洪秀全大概在此之前服毒自杀。自太平天国覆灭到上世纪60年代，这一结论无人怀疑。然而在1962年7月，曾国藩曾孙影印发行了一本藏书，揭开了真相。

1864年，湘军攻克南京之后，李秀成舍家保护幼天王洪天贵福，从南京太平门缺口成功突围，但为了拦截清军，李秀成亲率1多人返身作战，最终与大队人马走散，流落方山。

李秀成流落方山之后，当地百姓把他密藏起来，要送他出险。由于一个叫董陶大外村村民获悉，就将李秀成献与湘军悍将萧孚泗，李秀成由此被俘。后来，村民为了替李秀成报仇，将萧孚泗亲兵王三清捉去，“杀而投诸水中”。

令人奇怪的是，按照我们传统认知，太平天国不得人心，百姓恨不得见而诛之，但从李秀成在方山历经来看，百姓反而很爱戴太平天国，甚至还为他报仇。可见，太平天国已被过度抹黑。

由于李秀成死守南京，导致湘军损失很大，所以曾国藩弟弟曾国荃非常痛恨他，将他“置刀锥于前，欲细割之“又“叱勇割其臂股”，而李秀成“殊不动”，恼羞成怒的曾国荃亲自动手，“短衣握锥，独身走出”、“遍刺以锥，血流如注”。

不过，为了总结自己的一生，以及太平天国的兴亡得失，李秀成还是以每天7字的速度，最终留下了一本供述，即《李秀成亲供手迹》，其中有太平军为何死战到底的原因（湘军过度残忍，往往将俘虏的太平军一概残杀），还有洪秀全的真正死因。

同年，李秀成在南京被曾国藩处死，享年42岁。但关于曾国藩处死李秀成的原因，历史上却有疑问：一，曾国藩为何在南京处死李秀成，而不是送到北京，二，李秀成是不是效仿策反钟会的姜维，劝说兵强马壮的曾国藩自立，所以曾国藩杀人灭口？

1962年7月，在曾国藩湖南老家中，珍藏了长达近百年的《李秀成亲供手迹》被其曾孙影印发行。令人惊奇的是，洪秀全原来另有死因，曾国藩撒了一个谎，也推翻了清史稿的记载。

曾国藩版本《李秀成自述》：天王这时十分焦急，每天烦躁不安，在四月二十七日这天服毒而亡。原版《李秀成自述》：此时大概三月将尾，四月将初之候，斯时我在东门城上，天王斯时已病甚重，四月二十一日而故。

对照之下可见真相，在1864年4月21日时，洪秀全生病而死，根本不是曾国藩所说的服毒而死，曾国藩篡改了历史。

洪秀全怎么死法，这很重要吗，为何曾国藩要修改李秀成的自述？其实区别还是挺大的，洪秀全服毒而死，证明了湘军或清军攻势猛烈，洪秀全顶不住压力之下的畏罪而亡，间接拍了清廷一个马屁；如果洪秀全病死，那么还有其他人什么事？

其实，关于曾国藩的撒谎，早已不是第一次了。湘军攻陷南京之后，李秀成带领幼天王洪天贵福成功突围，但曾国藩却上书朝廷宣称幼天王洪天贵福已死。为何？还不是赶快抢功劳呗，杀死幼天王，这又是一大奇功！

可见，曾国藩根本不是什么圣人，而是会拍马屁、会抢功劳，没有书上说的那么高尚！

值得一提的是，由曾国藩在洪秀全死因上的撒谎，可以推测他在南京杀李秀成，或许真有杀人灭口嫌疑。消灭太平天国之后，曾国藩权势达到顶峰，天下近半数提督出于他的门下，手下又有一支精兵悍将，尤其他还是一个汉人，已经被清廷深度猜忌。因此，如果将李秀成送到北京，李秀成说出什么不该说的话，那么曾国藩真就有口难辨了。